Как и все гонимые сектанты, шииты со временем все более сплачивались вокруг своих духовных вождей, считая их слово конечной инстанцией истины. Это привело к резкому возвеличению статуса шиитских улемов по сравнению с суннитскими. Претендуя на право вещать голосом скрытого имама, шиитские улемы и наиболее почитаемые из них – муджтахиды, обладавшие авторитетом знания, набожности и благочестия, становились подчас подлинными вождями, затмевая своим влиянием политическую администрацию. Авторитет такого руководителя не умалялся тем, что он не всегда был заметен снаружи. Среди гонимых шиитов (как и среди некоторых суннитских сект) широкое распространение получила практика такыйи, мысленной оговорки, позволявшей скрывать свои истинные убеждения и игравшей роль защитной мимикрии в обстановке преследований. Такая практика даже увеличивала авторитет того духовного вождя, кто был истинным, хотя и незаметным наставником и обладал, как предполагалось, частицей благодати скрытого имама. Это обстоятельство нашло свое отражение и в шиитском шариате: в отличие от четырех мазхабов суннитского толка шииты выработали собственные приемы толкования исламского права, причем особое внимание они уделяли малораспространенному у суннитов методу рая (иджтихада), т.е. индивидуальному толкованию авторитетного муджтахида.

Важным элементом организационной структуры шиитов были алиды. Причастные к клану пророка, все они обычно воспринимались как представители особого сословия, осененного высшей благодатью и потому заслужившего специальные права и привилегии. Представители этого сословия, сейиды, выделялись даже внешне (они носили одежду преимущественно зеленого цвета —цвет пророка – и черные тюрбаны) и обладали большим престижем. Далеко не все сейиды были духовными вождями и знатоками ислама, но все политические авантюристы и амбициозные предводители шиитов всегда стремились опереться на их авторитет, а то и просто примкнуть к их сословию, доказав свое отдаленное (подлинное или мнимое) родство с алидами. И это имело свой смысл: престиж и влияние каждого, кто был причастен к алидам, во много раз возрастали в глазах шиитов, что имело важное значение для достижения конечной цели, вплоть до создания новых государств на развалинах дряхлевшего Халифата.