С IXв. значение политической власти императоров уходит в прошлое. Функции регента-правителя оказываются в руках представителей аристократического дома Фудзивара, на женщинах из которого были обязаны из поколения в поколение жениться императоры. При регентах Фудзивара значение буддизма становится еще бблыним. Он превращается в государственную религию. Не только императоры, как это бывало в прошлом, но и регенты, и все их виднейшие чиновники к концу жизни становились монахами, но не выпускали из своих рук бразды правления. Центр административного руководства переместился в буддийские монастыри, так что буддийское духовенство сосредоточило в своих руках огромную власть. За монастырские должности шла активная борьба, причем клан Фудзивара ревниво следил за тем, чтобы все высшие должности в монастырских сангхах доставались его членам. Естественно, это вело к резкому возрастанию политических и экономических позиций буддийских монастырей, особенно принадлежавших к наиболее влиятельным и активным сектам, как, например, Тэндай с центральным монастырем на горе Хиэй (Энрякудзи), который порой не подчинялся приказам властей и требовал себе все новых привилегий.

Ослабление клана Фудзивара стало заметным уже с Xв., а в 1192г. военачальник из клана Минамото по имени Еритомо взял власть в стране и объявил себя сегуном (полководцем-предводителем). Воины-дружинники нового правителя Японии получили свою долю земель и богатства и составили основу нового сословия, сыгравшего немалую роль в истории страны,– сословия самураев. Весь период сегуната, длившийся долгие века, буддизм продолжал быть основной опорой власти. Однако в нем происходили важные изменения. Ушли в прошлое власть императора и централизованно-административное правление из монастырей, характерное для периода регентства. На передний план вышли феодальные князья и их вассалы-самураи. Силы феодальной децентрализации с трудом сдерживались вооруженной мощью сегунов. В изменившейся ситуации изменился и буддизм. На смену старым сектам пришли новые, влияние которых сохранилось в стране и поныне.

Во-первых, это секта Дзедо (кит. Цзинту – «Чистая земля», т.е. амидизм) с культом Западного рая и его владыки будды Ами-табы. Основатель ее в Японии Хонэн (1133–1212) счел необходимым упростить вероучение буддизма, сделать его более доступным для простого народа и для этого ввел заимствованную им из китайского амидизма практику бесчисленного повторения одного только слова «Амида», что должно принести верующему спасение. В аналогичном плане действовала и родственная ей школа-секта Дзедо син, основанная Синраном (1174–1268) и пропагандировавшая культ Амитабы. Фраза «Наму Амида буцу» («О, будда Амитаба!») превратилась в магическое заклинание, повторявшееся до 70тыс. раз в сутки. Люди верили в столь простой путь к спасению, подкреплявшийся совершением добродетельных поступков – перепиской сутр, жертвованием на храмы, на буддийские скульптуры и изображения и т.п. И хотя со временем культ Амиды принял более спокойный характер, количество последователей амидизма в стране не уменьшилось, скорее возросло (ныне, по некоторым данным, их насчитывается почти 20млн.).

Во-вторых, большую популярность в Японии приобрела секта Нитирэн, названная по имени ее основателя (1222–1282), который, так же как и Хонэн, стремился упростить и очистить буддизм. В центре поклонения в секте Нитирэн оказался не Амитаба, а сам великий Будда. И не нужно было стремиться к Западному раю и неведомой Чистой земле: Будда был вокруг, во всем, в том числе и в тебе самом. Рано или поздно он в любом, даже самом обиженном и угнетенном, проявит себя. Нитирэн был нетерпим к другим сектам, обвиняя их в различных грехах и суля их приверженцам пребывание в аду, но его учение поддерживалось многими обездоленными. Правда, это не придало ему революционности: в отличие от средневекового Китая буддизм в Японии редко становился знаменем восставшего крестьянства. Более того, Нитирэн твердо провозгласил, что религия должна служить государству, и это впоследствии было высоко оценено японскими националистами.