Россия позже других стран Европы пошла на признание принципа свободы совести вероисповедания. В “Своде законов Российской империи”, изданных в 1875 году, все религии на территории страны делились на три группы: государственная (православное исповедание), терпимые (католическая, протестантская, армяно-григорианская церкви, ислам, буддизм, иудаизм, язычество) и нетерпимые (“секты” — духоборы, молокане, иудействующие, скопцы, иконоборцы).

В “Уложении о наказаниях” особым видом государственного преступления объявлялось отвлечение и совращение из православия в другую веру, воспрепятствование воспитанию детей в православной или христианской вере, распространение ересей и расколов. К виновным в этих преступлениях применялась целая система карательных мер, вплоть до каторги и ссылки в Сибирь. Внеисповедное состояние государством вообще не признавалось. В 1894 году к числу запрещённых религий причислены и так называемые “штундисты” — русское наименование баптистов и евангельских христиан. Их вероисповедание было объявлено вредным, а их молитвенные собрания запрещены.

После Февральской революции постановлением от 20 марта 1917 года “Об отмене вероисповедных и национальных ограничений” и постановлением от 17 июля 1917 года “О свободе совести” были отменены все ограничения, связанные с вероисповеданием: на жительство, передвижение, приобретение права собственности, занятия ремёслами, торговлей, промышленностью, поступлением на государственную службу, на учёбу, участие в выборах и т. д. Под свободой совести по-прежнему понимались свобода выбора вероисповеданий. При этом постановление Временного правительства оставляли неизменным господствующее положение Русской православной церкви по отношению к другим религиозным организациям на том основании, что православие является религией большинства населения России. Внеисповедное состояние по-прежнему не признавалось.

После Октябрьского переворота и установления Советской власти был принят Декрет от 23 января 1918 года “Об отделении церкви от государства и школы от церкви”. В этом Декрете впервые провозглашалось, что все религии должны быть в равном положении, что каждый гражданин имеет право исповедовать любую религию или не исповедовать никакой. Таким образом, в этом документе впервые принцип свободы совести получил современную форму — он означал не только свободу выбора вероисповедания, но и свободу не исповедовать никакой религии.

Декларация о свободе совести в СССР в значительной мере оставалась декларацией. Её провозглашали все конституции Советского государства, а принимавшиеся в дополнении к конституциям правовые акты в значительной мере ограничивали реальные возможности религиозных организаций, содержали многочисленные запреты. Вопреки конституционным гарантиям, государство вмешивалось во внутренние дела религиозных организаций, стремилось оттеснить верующих граждан на периферию общественной жизни. В реальной практике существовали большие ограничения на различные формы деятельности для верующих людей, религиозных активистов. Для них практически была закрыта возможность карьеры в организациях управления, в армии, в системе образования, здравоохранения т. д. Как отмечают историки-исследователи советского периода Российского общества, в идеологии и практике Советского государства был реализован так называемый “государственный атеизм”. Однако, давая отрицательную оценку практике реализации свободы совести в СССР, следует признать положительное значение той новой трактовке принципа свободы совести, которая декларировалась в официальных документах. Эта трактовка в последующем получила своё закрепление в ряде международных документов и стала основой для признания принципа свободы совести в таком виде всем мировым сообществом.