Мертон считал, что принцип универсального функционализма “может иметь и может не иметь эвристического значения”. По его мнению, вопрос, являются ли последствия того или иного явления функциональными, решается не априорно, а в процессе исследования: изучения типов функций. Он считал плодотворной гипотезу, согласно которой устойчивые культурные формы имеют чистый баланс функциональных последствий (балансовый итог) или для общества, рассматриваемого как единое целое, или для подгрупп, достаточно сильных, чтобы сохранить эти формы нетронутыми; балансовый шаг создается либо путем прямого принуждения, либо опосредованно с помощью убеждений. Эта гипотеза помогает избежать тенденции сосредоточивать внимание на “положительных функциях” и обращает внимание исследователя и на другие типы последствий. Мертон полагал, что “любое явление культуры или социальной структуры, хотя и может иметь функции, однако было бы преждевременным категорически заявлять, что любое такое явление должно быть функциональным”.

Наиболее “двусмысленным” является постулат необходимости, поскольку неясно, что именно он утверждает: необходимость функции или явления (обычая, объекта, идеи, верования), которое выполняет эту функцию, либо же и того и другого. Этот постулат отвлекает от факта, что одни и те же функции, необходимые для существования групп, выполнялись различными социальными структурами и культурными формами. Развивая это положение, Мертон формулировал “основную теорему функционального анализа: точно так же как одно и то же явление может иметь многочисленные функции, так и одна и та же функция может по-разному выполняться различными явлениями". Имеется некоторый диапазон вариаций структур, удовлетворяющих данную функцию. В противоположность понятию незаменимых культурных форм (институтов, стандартизованной деятельности, систем убеждений и т. д.) социолог ввел “понятие функцианальных альтернатив, функциональных эквивалентов или функциональных заменителей”.

Мертон различал явные и латентные функции, разделяя “мотивы” и “функции”, “сознательную мотивацию” социального поведения и “объективные последствия” его. Явные функции - это объективные последствия, которые вносят свой вклад в регулирование или приспособление системы, входили в намерения ее участников и осознавались ими. Латентные функции, соответственно, те объективные последствия, которые не входили в намерения и не были осознаны. Первые относятся к объективным преднамеренным последствиям социального действия, способствующим приспособлению или адаптации некоторой определенной социальной единицы (индивидуум, подгруппа, социальная или культурная система); вторые — к непреднамеренным и неосознанным последствиям того же самого порядка.

Разработанный им понятийный аппарат Мертон применял и в ходе функциональной интерпретации религии. Критикуя концепции А. Радклифф-Брауна и Б. Малиновского, он подчеркивал, что их обобщения относительно интегративных функций религии, в значительной мере были получены из наблюдений, сделанных в дописьменных обществах, и экстраполированы на интегративную функцию религии вообще. Авторы стремились выделить только явноинтегрирующие следствия религии и игнорировали ее возможные дезинтегративные следствия в определенных типах социальных структур. Подобная гипотеза может быть вполне разумна при описании некоторых дописьменных обществ, но она неприменима для анализа религии в полирелигиозных. Как правило, в дописьменных обществах имеется только одна господствующая религиозная система. В социальной структуре этого типа общая совокупность религиозных ценностей в качестве одного из своих следствий может иметь усиление общих чувств и социальной интеграции. Но распространить данное положение на другие типы общества было бы весьма затруднительно, поскольку именно это приводит к зачеркиванию всей истории религиозных войн, инквизиции, конфликтов между религиозными группами, к игнорированию разделяющей функции (дисфункции) религии. Когда в одном обществе существуют различные религии, часто имеет место глубокий конфликт между различными религиозными группами. Точно так же религия не вносит вклад в интеграцию больших обществ, если содержание ее доктрин и ценностей противоречит содержанию других, нерелигиозных ценностей, которых придерживаются многие в тех же самых обществах. Понятие необходимой функции и незаменимого типа взаимосвязи определенного верования с действием полностью исключает понятие функциональных альтернатив. А между тем возможны заменители символических ритуальных практик и институтов.