Сложнее история монофизитской церкви, которая сохраняется в Египте благодаря особым этническим и социальным обстоятельствам. В нее входят главным образом местные жители из бедняков, говорящие на коптском языке, порвавшие с эллинизированными группами в больших северных городах. Примечательно, что из ненависти к константинопольским властям они называли своих противников мельхитами (от сирийского слова, перешедшего в коптский язык, которое означает «приверженцы царя», «имперцы»). На некоторое время митрополичьи престолы

Антиохии и Иерусалима, а не только Александрии оказывались в руках епископов-монофизитов.

Константинополь — «новый Рим»

Наистрожайше придерживаясь решений святых отцов и предложенного ста пятьюдесятью благочестивейшими епископами только что зачитанного канона, вот каковые вещи мы обсуждаем и решаем относительно привилегии святой церкви Константинополя, нового Рима. Отцы справедливо дали некогда привилегии кафедре древнего Рима ради царской власти, которой город располагал. По той же причине сто пятьдесят благочестивейших епископов передали те же привилегии святой кафедре нового Рима, справедливо почитая, что город местопребывания царствующего дома и сената должен пользоваться теми же прерогативами, что и древнейшее Римское царство, оказавшееся на втором месте в церковных делах после вышеназванного города по порядку следования властей предержащих.

Преемник Марциана, император Лев I (457–474), попытался добиться примирения церкви с монофизитами, чтобы расположить к себе египетские провинции, которые еще были житницей Востока. Но когда узурпатор Василиск (475–476) решил осудить решения Халкидонского собора, более 500 епископов поставили свои подписи под соответствующим документом. Конфликт переродился в жесткую борьбу между константинопольским епископом Акакием и монофизитским архиепископом Александрии Петром Монгом, которого поддерживал Рим. Император Зенон (479–491) решил ввести единство декретом, издав пресловутый «эдикт о союзе», который только ухудшил положение, поскольку римские епископы после некоторых колебаний отказались принять его и выступили против обеих партий.

Религиозное примирение между Римом и Константинополем состоялось только при императоре Юстине I (518–527) по инициативе его племянника Юстиниана и римского епископа Ормизда. Отделение Египта от империи неизбежно шло своим путем. В момент его оккупации арабами, спустя чуть больше сотни лет, монофизиты встретили захватчиков как освободителей.

Кроме Египта монофизитская церковь существует еще в Сирии, Армении, Месопотамии и Эфиопии. Часть египетских коптов, примерно 100 тысяч человек, состоят в союзе с Римом; большинство же, свыше миллиона, на две трети монофизиты, остальные — католики. Монофизиты Сирии и Месопотамии зовутся также «якобитами», по имени эдесского епископа Иакова, который был одним из виднейших организаторов движения монофизитов во второй половине VI в.