Имамитский шиитский ислам был той базой, на основе которой на протяжении веков формировались остальные течения и секты. Как правило, доктринальные расхождения между ними сводились к спору о количестве почитаемых имамов, хотя нередко этот спор приводил и к более существенным изменениям в догматике и принципах деятельности той или иной из шиитских сект.

Первый раскол среди шиитов произошел в VIIв., когда после мученической смерти Хусейна возник спор о четвертом имаме.

Группа шиитов во главе с Кайсаном провозгласила четвертым имамом сводного брата Хусейна, сына Али от наложницы. Движение кайсанитов не получило заметной поддержки и к XIв. прекратило свое существование. Следующий раскол был связан с именем Зейда, которого его сторонники провозгласили пятым имамом. Хотя в битве 740г. с Омейядами Зейд был убит, его сторонники образовали секту зейдитов, укрепившуюся на севере Ирана и просуществовавшую около трех веков. Зейдиты были близки к мута-зилитам и хариджитам, выступали против обожествления вождей и за право каждого благочестивого мусульманина стать верховным имамом. В конце IXв. зейдиты обосновались в Йемене, где их потомки обитают и ныне (на севере Ирана остатки зейдитов известны под именем ноктавитов).

Наиболее крупный и значимый по последствиям раскол произошел в середине VIIIв., когда шестой имам шиитов Джафар лишил своего старшего сына Исмаила права стать седьмым имамом в пользу другого своего сына. Несогласные с этим решением шииты сплотились вокруг опального Исмаила и объявили его седьмым имамом, что и положило начало созданию нового и – весьма своеобразного учения исмаилитов. Исмаилизм – принципиально новое течение мысли в шиитском исламе, многое заимствовавшее как у неоплатонизма (точнее, из орфико-пифагорейской древнегреческой философии), так и из зороастризма с его культом священной семерки и индийских учений о карме, перерождениях, Брахмане-Абсолюте.

Согласно учению исмаилитов, ипостасью Высшего Божества, Аллаха, является Мировой Разум, обладающий всеми божественными атрибутами. Проявление его в феноменально-чувственном мире – пророки, которых насчитывается семь: Адам, Ной, Авраам, Моисей, Иисус, Мухаммед и Исмаил. Эманацией Мирового Разума является Мировая Душа; она, в свою очередь, ответственна за создание материи и жизни, включая человека. Проявление ее – семь имамов, толкователей семи пророков. Соответственно числу пророков и имамов история тоже делится на семь периодов, в процессе смены которых рее живое рождается и умирает по закону перерождений. Цель существования у исмаилитов – достижение высшего знания (аллегория знания —рай, невежества – ад). Достижение его ведет к спасению, что равно возвращению к Мировому Разуму, т.е. к прекращению существования и перерождении.

Сложное эзотерическое учение исмаилитов предполагало семь степеней познания, причем высшие из них были доступны лишь немногим и окутаны ореолом таинственности. Для подавляющего большинства исмаилитов суть учения упрощенно сводилась к ожиданию Махди с его царством высшего истинного знания и пути к спасению. На рубеже IX–X вв. этот исмаилитский Махди все более определенно ассоциировался со скрытым имамом шиитов-имамитов, чем, в частности, воспользовался некий Убейдаллах, который в начале Х в. выдал себя за Махди и основал с помощью североафриканских берберов Фатимидский халифат, просуществовавший с центром в Египте вплоть до 1171г. Выдававшие себя за алидов, Убейдаллах и его потомки сыграли важную роль в укреплении и развитии исмаилизма как влиятельного течения шиитской мысли. Течение это вскоре тоже распалось на несколько сект, часть которых отличалась крайними, весьма радикальными нормами поведения.