Египетский папа Захария по приказу Аль-Хакима был схвачен и брошен на растерзание голодным львам. Но львы не тронули Захарию, и он был отпущен, а впоследствии канонизирован.

Впрочем, остальные правители династии Фатимидов терпимо относились к коптам. При них особо почитаемым был папа Авраам I. И всё же, коптов продолжали облагать большими налогами, а египетские папы не раз оказывались по разным причинам в заточении.

Эпоха крестовых походов оказалась трагической как для мусульман, так и для коптов. Крестоносцы не затрудняли себя разбирательством, где последователи ислама, а где христиане. Для них все были на одно лицо. В Сирии и Палестине, в самом Иерусалиме тогдашние представители европейского сообщества без разбору убивали, грабили, насиловали как мусульман, так и христиан, причем, представителей куда более древнего христианства, чем они, европейцы. Ту же самую картину приходилось наблюдать и в Египте. Потрясающе, но христиане-копты искали защиту от христиан-европейцев у мусульман. И когда явился Салах-ад-Дин, сей воин ислама стал одновременно и защитником восточных христиан! До сих пор копты почитают его точно так же, как мусульмане.

С 1250 по 1517 год Египет находился под властью мамлюков, в основном имевших черкесское происхождение. Воины-рабы, выходцы с Кавказа, они возвысились при султанах, благодаря своим воинским качествам, захватили власть и почти триста лет правили Дар-аль-Кибтом. Необходимо учесть, что в те времена кавказские народы были христианскими. Вероятно, это сказалось и на том, что мамлюкский период истории Египта копты поминают добрым словом. При мамлюках-черкесах копты укрепились и возвысились, они почти не испытывали притеснений.

Увы, мамлюкское государство, сумевшее отразить нашествие Тамерлана, пало под ударами Турции. В 1517 году султан Селим завоевал Египет, и начался османский период, отмеченный новыми гонениями на коптов. Этот период продолжался вплоть до прихода Наполеона в 1798 году. Особенно сильно отличились турки в Нубии, где после их правления христианство исчезло полностью. Количество налогов росло с каждым годом. Дошло до того, что копты, даже покидая своё жилище, вынуждены были платить налог! Особенно строгим в отношении коптов стал век XVIII. Египетские христиане подвергались самым разнообразным запретам. Например, им не только запрещалось носить одежду какого-либо цвета, кроме чёрного, но даже запрещено было носить одежду из шерсти или сукна. Копт не имел права ездить верхом. Резко ограничены были профессиональные возможности коптов. Постепенно им оставались лишь профессии уборщиков, мусорщиков, чернорабочих. Но всем этим лишь испытывалось терпение египетских христиан, их упорство в вере.

Русский путешественник первой половины XVIII века Василий Григорович-Барский, описывая Египет, оставил такую запись о коптах: "Обретаются еще некие християне-еретики, именуеми Копти, сиесть обрезанци, иже и крестятся, и обрезуются, и многих прочих ересей держатся, и тих суть множество в Египте и церковь их обретается число не мало; имут же своего особнаго патриарха и себе с ним за православных бытии и патриарху своего достойно Александрийский престол держати мнят и проповедуют. Греческого же патриарху и всех купно с ним за неправославних бытии почитают".