Перед смертью святитель оставил архиепископство и принял схиму, причем дано ему было новое имя — Иоанн, то самое, которое он носил до пострижения. Тело его положили в соборе Святой Софии.

С течением времени гробница святителя была забыта, люди не знали даже, кто похоронен под надгробным камнем. Но в 1439 г., при новгородском архиепископе Евфимие Вяжищском, произошло обретение мощей святого. С того времени началось местное почитание святого. Общецерковное же празднование было установлено в 1547 г. митрополитом Макарием. День церковной памяти: 7 (20) сентября.

Во второй половине XV в. в Новгороде был прославлен еще один святой. Михаил Клопский (ум. 1453 или 1456) — новгородский юродивый и чудотворец. Родился он в Москве в очень знатной семье. Некоторые современные исследователи считают его сыном князя Д.М. Боброка Волынского, героя Куликовской битвы и сестры Дмитрия Донского княгини Анны Ивановны. О жизни Михаила до появления в Новгороде ничего неизвестно.

Житие Михаила Клопского написано в 70-е гг. XV в. и представляет собой собрание чудес и пророчеств святого. Чудесным было и явление его в Новгородском Клопском Троицком монастыре в 1408 г. ночью, в канун "Иванова дня", отмечаемого 24 июня. Поп Макарий пришел в свою келью и вдруг увидел старца, который переписывает "Деяния апостола". Макарий испугался, позвал игумена и братию. Явившись, те обнаружили келью запертой, а в окно увидели пишущего старца. Трижды молился игумен и вопрошал старца: "Кто ты есть — человек ли или бес? Как твое имя?" А старец отвечал теми же словами: "Человек ли или бес? Как твое имя?". Наконец, сломали дверь в келью, вошли и вновь вопросили. А старец ответил теми же словами. И молвил игумен: "Не бойтесь его. Бог послал нам этого старца".

Старец стал жить в монастыре, в отдельной келье, но имени его никто не знал. В 1414 г. в монастырь приехал сын Дмитрия Донского Константин Дмитриевич и опознал в нем своего родственника Михаила. С тех пор старец стал жить под своим именем.

Михаил Клопский прославился многими чудесами и предсказаниями. Предсказал Михаил Клопский гибель Дмитрия Шемяки. Князь Дмитрий просил блаженного: "Михайлушко, моли Бога, чтобы добиться мне великого княжения". Михаил же отвечал: "Добьешься, княже, трехлокотного гроба!". А в другой раз сказал Димитрию: "Княже, земля по тебе стонет". Вскоре Дмитрий Шемяка скончался.

Далеко неслучайным был тот факт, что в конце XV в. в Житии Михаила Клопского появляются его слова-пророчества, сказанные 22 января 1440 г., в день рождения будущего великого князя Ивана III Васильевича: "Родился у великой княгини сын Иоанн. Будет сей наследником отцу своему и захочет разорить обычаи земли нашей Новгородской, и будет граду нашему от него погибель; злата и серебра соберет много и будет страшен господарь всей земли Русской". Ведь в конце XV в. между Новгородом и Москвой шла жестокая война. Однако по прошествии полвека, в 1547 г., Михаил Клопский был включен в общерусский Собор святых. День памяти: 11 (24) января.

Но интересно, что уже во второй половине XV столетия московские мудрецы начинают осваивать духовный опыт других русских земель и включать местных святых в орбиту московского и общерусского почитания. К примеру, именно с XV в., усилиями именно московских властей начинается общерусское почитание новгородского святого, преподобного Варлаама Хутынского. Памятуя о давних политических и религиозных рознях между Москвой и Новгородом, особенно интересно рассмотреть причины, по которым Варлаам Хутынский стал почитаться как общерусский святой.