По условиям унии Православная Церковь принимала католическую догматику. При этом сохранялась православная обрядность, греческий язык при богослужениях, разрешались браки для "белых" священников, причащение всех верующих, как духовенства, так и мирян, хлебом и вином.

Акт об унии подписал и глава Русской Церкви митрополит Исидор. 19 марта 1441 г. Исидор вернулся в Москву с радостной, как ему казалось, вестью. Но оказалось, что на Руси подписание унии не признали. Более того, русские люди посчитали саму унию предательством истинной православной веры — никто не хотел подчиняться римскому папе.

Уже через несколько дней Исидор по приказу великого князя Василия II был взят под стражу и посажен в Чудов монастырь. Впрочем, Василий II не желал окончательно ссориться с константинопольским патриархом. Летом 1441 г. Исидору позволили бежать из Москвы в Тверь. В Твери опальный митрополит был опять арестован, но через полгода отпущен в Литву. Оттуда Исидор перебрался в Рим.

А на Руси вновь решили избрать нового митрополита. И кандидатом на митрополичий стол опять оказался рязанский епископ Иона. Казалось бы, теперь уже ничто не может помешать избранию Ионы во митрополиты, но в Московском великом княжестве продолжалась междоусобная война .

Еще 1441 г. начались открытые столкновения между войсками Василия II и Дмитрия Шемяки. Продолжалась война и в 1441–1446 г. Война велась с небывалой жестокостью. Князья брали в плен и ссылали родственников своих противников, в том числе матерей, жен и детей. Казнили или ослепляли бояр и воевод. Земли и города Московского великого княжества многократно разорялись.

В феврале 1446 г. галицкий князь Дмитрий Шемяка захватил в плен Василия II, ослепил его и отправил в заточение в Углич. А себя Дмитрий Шемяка объявил великим московским князем.

Дети князя Василия в это время укрывались в Муроме. Дмитрия Шемяка обратился к рязанскому епископу Ионе, предложив ему привести княжеских детей из Мурома. В ответ Шемяка обещал замириться с Василием II, вернуть ему детей и отпустить на отдельный удел. Святитель Иона, желая мира между князьями, согласился. Он прибыл в Муром и взял княжеских детей под свое покровительство. А затем привез детей к Дмитрию Шемяке в Переяславль-Залесский, где в то время находился Шемяка.

Но Дмитрий Шемяка даже не собирался исполнять свое обещание. Больше того, он захотел погубить и князя Василия, и его детей, предлагая утопить их в Волге. И только заступничество епископа Ионы спасло их от мучительной смерти. В конце концов, Иона отвез детей к слепому отцу князю Василию в Углич.

Вернувшись в Москву, Иона начал управлять русской митрополией. Но более всего, он стремился примирить русских князей. Житие Ионы сообщает, что он многократно обращался к Дмитрию Шемяке с увещевательными словами: "О княже! Зачем неправду творишь и клятву преступаешь, и тем Богу досаждаешь? Господина своего, великого князя, и детей его оскорбляешь, ведь их Сам Господь поставил править государством. Мое смиренное служение используешь для лжи и меня приобщаешь к своему греху. Скорее же выпусти ослепленного тобою старшего брата и господина, имеющего весьма малых детей, ибо не могут они тебе сотворить никакого зла. Покайся о злобе своей, пока Божий суд не постиг тебя. Примирись же с братом!". На том же настаивали и многие московские бояре, и другие русские епископы.

Наконец, Дмитрий Шемяка уступил настояниям своих приближенных. В сентябре 1446 г. он примирился с Василием, освободил его из заточения и отправил в Вологду. Но не было мира между князьями . В короткий срок Василий собрал новое войско и 25 декабря 1446 г. вернул себе Москву. Дмитрий Шемяка бежал.

А епископ Иона еще два года продолжал управлять митрополией, не имея даже сана митрополита. Только в 1448 г. великий князь Василий II созвал в Москве собор епископов — четверо из них приехали сами, а двое прислали грамоты с согласием на избрание Ионы в митрополиты. И вот, наконец, в воскресенье 15 декабря 1448 г. состоялась официальная церемония избрания Ионы русским митрополитом, без утверждения в Константинополе. С той поры Русская Православная Церковь стала автокефальной, т.е. независимой от Константинополя.

Служение митрополита Ионы было непростым. В 1459 г. из Рима на Русь отправился митрополит Григорий Болгарин, поставленный униатским патриархом и папой римским. На Русь Григория не пустили, но он утвердился в Литве. Святитель Иона призвал литовских иерархов не признавать незаконного ставленника. Но в Литве не стали слушать московского святителя. И в итоге единая русская митрополия разделилась на две: Московскую и Киевскую.

В последние годы жизни митрополит Иона прославился целительством. Так, он чудесным образом исцелил от болезни дочь великого князя Василия II Анну.