В стране есть и протестанты, относящиеся к различным течениям, церквам и деноминациям: лютеранству, кальвинизму, меннонитству, баптизму, пятидесятничеству, адвентизму и т.д.

Лютеранство исповедуют часть живущих в России немцев, большинство финнов, эстонцев и латышей. В настоящее время основная часть действующих в России лютеранских приходов относятся к Евангелическо-лютеранской церкви (объединяющей преимущественно немцев) либо к Евангелическо-лютеранской церкви Ингрии (прихожанами которой являются прежде всего ингерманландские финны). Численность лютеран в России - 170 тыс.

В России представлено и более радикальное течение протестантизма - кальвинизм (в форме реформатства и пресвитерианства). Реформатства придерживается небольшая часть живущих в стране немцев, а также венгры - выходцы из Закарпатской области Украины. Общая их численность составляет всего 5 тыс. чел. Есть сейчас в нашей стране и сторонники очень близкого к реформатству пресвитерианства, объединенные в несколько российско-корейских церквей. Свою миссионерскую работу они ведут не только среди живущих в России корейцев, но и среди представителей других национальностей.

Помимо лютеранства и кальвинизма в России представлено еще одно раннее протестантское течение - меннонитство. Российские меннониты образуют две основные группы: церковных и братских. Они живут в Алтайском крае, Омской, Новосибирской, Кемеровской, Томской и Оренбургской областях. Судя по всему, меннониты представляют собой особую этноконфессиональную группу.

Самой многочисленной протестантской конфессией в России является баптизм. Проникнув в Россию в середине 19 в., баптизм первоначально распространялся среди немцев, однако довольно скоро группы баптистов появились и среди представителей других народов. В 1870-е гг. в России стало распространяться близкое к баптизму движение евангельских христиан, имеющее английские корни. В 1944 евангельские христиане и подавляющее большинство российских баптистов объединились в Союз евангельских христиан и баптистов (с 1945 - Союз евангельских христиан-баптистов). В 1945 - 1947 в него вошли часть пятидесятников, а в 1965 - общины братских меннонитов. В 1961 от Союза откололся Совет церквей евангельских христиан-баптистов (к нему отошла примерно 1/20 часть членов объединения).

В 1992 Союз евангельскими христиан-баптистов был преобразован в Федерацию союзов евангельских христиан-баптистов, одним из членов которой стал Союз евангельских христиан-баптистов России. Самые крупные его общины находятся в Москве, Санкт-Петербурге, Архангельске, Великом Новгороде, Смоленске, Брянске, Туле, Орле, Курске, Белгороде, Воронеже, Тамбове, Нижнем Новгороде, Казани, Волгограде, Ставрополе, Грозном, Ижевске, Перми, Екатеринбурге, Уфе, Новосибирске, Иркутске, Хабаровске. Продолжают действовать и Совет церквей евангельских христиан-баптистов, а также их независимые общины. Общая численность евангельских христиан-баптистов (вместе с детьми), входящих в разные организации, составляет в России около 500 тыс. чел. Среди них есть русские, немцы, украинцы и представители других национальностей.

В Российской Федерации представлено и сравнительно молодое (возникшее в 1901), но быстро увеличивающее ряды своих сторонников протестантское течение - пятидесятничество, подразделяющееся на ряд ветвей. Как и в большинстве других стран мира, в России основную массу последователей этого течения составляют пятидесятники двух благословений. К этой ветви пятидесятников относятся христиане веры евангельской и некоторые другие, более мелкие группы. Т.н. пятидесятники-унитарии представлены евангельскими христианами в духе апостолов. Общая численность всех пятидесятников в стране составляет около 300 тыс. чел. Основные места их расселения - Сибирь, Урал, Московская, Тульская, Смоленская обл., Краснодарский край и др.