Как рачительный хозяин Филипп заботится о дальнейшем процветании обители. Он приглашает на монастырские земли крестьян, дает им льготы, помогает прижиться на новом месте, а затем неукоснительно собирает положенные оброки, расширяет морские промыслы.

Не забывает игумен и о главной заботе иноков — молитве. Игумен обязывает монахов строго исполнять общежительный устав, следит за верностью богослужений, сам постоянно проводит утренние и вечерние службы.

А в России в это время происходили необъяснимые дела. В январе 1565 г. царь Иван IV Васильевич вместе с семьей вдруг покинул Москву и уехал в Александровскую слободу. Оттуда он прислал послание, в котором потребовал разделить всю страну на две части — “земщину” и “опричнину”. “Опричнину” государь забирал себе, а “земщину” отдавал в управление специальному земскому правительству. Подданным царя ничего не оставалось делать, как согласиться…

В “опричнине” государь создал отдельное опричное войско, которое стало разорять “земские” пределы, убивали сотни людей без всякой причины. Сам царь начал казни бояр и дворян, обвиняя их в измене. Владения опальных вельмож подвергались разграблению. И никто не мог понять, что же происходит? Почему государь положил гнев на свою державу и разоряет ее год от года?

И некому было умирить царя в его гневе — митрополит Макарий, который столько лет умел сдерживать царский гнев, уже умер. За три года, что прошли со дня кончины митрополита Макария, уже двое владык оказывались во главе Русской Православной Церкви. Сначала русским митрополитом стал духовник царя, инок Чудова монастыря Афанасий. Но опричный разгул сломил его волю, подточил силы и 19 мая 1566 г. Афанасий оставил митрополию, вернулся в монастырь.

Затем уговорили Германа, архиепископа Казанского. Но Герман даже не успел стать митрополитом! Всего два дня пробыл он на митрополичьем дворе, не решаясь принять на себя тяжкое бремя. И не выдержал — стал по-отечески просить царя отменить разделение Руси на “земщину” и “опричнину”. Вот и велел государь прогнать Германа со словами: “Еще и на митрополию не возведен, а уже связываешь меня неволей!”

И решил государь призвать на митрополичий стол Филиппа, игумена Соловецкого. Его вызвали в Москву… Но Филипп долго отказывался быть митрополитом, требовал, чтобы царь Иван Васильевич отменил опричнину. Ведь Православная Церковь не может одобрять “опричные” деяния царя. Царь Иван IV Грозный гневно потребовал Филиппа не вмешиваться в царские дела, но пошел на уступку. Царь согласился, что митрополит возвращает себе старинное правило — “печаловаться” (т.е. заступаться) за тех, на кого государь наложит свой гнев и опалу. Традиция “печалования” за опальных и в самом деле была древней, но после смерти митрополита Макария царь Иван IV ее отменил. 25 июля 1566 г. состоялся обряд возведения игумена Филиппа в митрополиты.

Поначалу царь Иван Васильевич прекратил беспричинные казни и преследования. И весь православный люд связал наступившую “тишину” с тем, что митрополит Филипп благотворно влияет на государя, усмиряет его гнев. Но зимой 1567–1568 гг. вновь разгорелись репрессии.

Государь как раз вернулся из неудачного похода на Литву. И лют был страшно. А каков царь Иван Васильевич в гневе — дело известное. Вот и покатились снова головы бояр, обвиненных в измене. А опричники опять по городам и весям разбойничать пустились. И снова молва народная возопила: “Царь возненавидел грады земли своей!”

Кто заступится за невинных? К кому обратиться? И бросились тогда некие из вельмож и народа в ноги митрополита Филиппа со слезами: “Смерть глаза нам застилает и слова застревают в горле от страха! Только и видим одни мучения!”

Не смог больше митрополит терпеть и обратился к царю. Поначалу-то увещевал он Ивана Васильевича в личных беседах. И говорил митрополит Филипп: “Скипетр земной есть только подобие небесного, дабы научил ты человеков хранить правду. Соблюдай данный тебе от Бога закон, управляй в мире и законно. Тот поистинне может называться властелином, кто обладает сам собою, не работает страстям и побеждает любовию! Слышно ли когда-либо, чтобы благочестивые цари сами возмущали свою державу?!”