После подавления восстания Болотникова, зимой 1607 г. именно святитель Гермоген в целях успокоения страны свершил акт прощения и разрешения всех православных христиан за измены и клятвопреступления, совершенные против Бориса Годунова и Лжедмитрия. Для этого из заточения был возвращен престарелый патриарх Иов. После объявленного по такому случаю всенародного поста, 20 февраля 1607 г. в Успенском соборе Кремля состоялся обряд “прощения”. После молебна, совершенного Гермогеном, бывшему патриарху Иову подали покаянную челобитную, в которой перечислялись измены и клятвопреступления с просьбой к патриархам простить измены. Затем была зачитана “разрешительная грамота” от имени обоих патриархов и всего Освященного собора, в которой объявлялось о прощении за все совершенные измены. Главная задача этого обряда состояла, конечно же, в том чтобы, получив прощение за прошлые измены, народ впредь не нарушал крестного целования. И хотя после этого события брожения в народе не закончились, но начало всенародному покаянию было положено.

Конечно, далеко не все и далеко не сразу возвращались в разум. В 1607 г. в России объявился новый самозванец — его стали называть Лжедмитрием II. И снова под его знамена встало много народа. Летом 1608 г. его войско пришло к Москве. Но в этот раз занять Кремль самозванцу не удалось, и он расположился в подмосковном селе Тушино. Потому и прозвали Лжедмитрия II “Тушинским вором”. Московские бояре начали метаться между царем Василием Шуйским и Лжедмитрием II — кого выбрать? Кому подчиниться? И только патриарх Гермоген неколебимо стоял за законного царя. Он начал рассылать по всей стране грамоты, в которых призывал жителей городов и волостей не признавать власть новоявленного самозванца.

Более полутора лет продолжалось противостояние царя Василия Шуйского и “Тушинского вора”. Наконец, весной 1610 г. лагерь самозванца был разгромлен. Сам Лжедмитрий II бежал.

Казалось бы, в государстве можно навести порядок. Но тут в русские дела вмешались поляки. Польский король Сигизмунд во главе большого войска перешел русскую границу и осадил Смоленск. В июне 1610 г. войска Василия Шуйского потерпели тяжелейшее поражение от поляков под селом Клушино. После этого, польский отряд во главе с гетманом Жолкевским двинулся на Москву, а “Тушинский вор” с верными ему казаками подошел к подмосковному селу Коломенскому. Это решило судьбу царя Василия Шуйского. Заговорщики свергли его с престола. Власть в Москве перешла в руки боярского правительства, состоящего из семи бояр. Потому и само правительство прозвали Семибоярщиной.

Бояре решили призвать на русский престол польского королевича Владислава. Патриарх Гермоген резко воспротивился такому решению, говоря, что русским царем должен стать человек “от корени российского рода”. Патриарх призвал избрать царем юного боярина Михаила Федоровича Романова. Но московские бояре не стали слушать святителя. Сначала они вступили в переговоры с поляками, а потом вообще открыли ворота Москвы для отряда гетмана Жолкевского. Российская столица оказалась в руках интервентов…

Видя, что московские бояре ослеплены жаждой власти, патриарх Гермоген, дабы не ввергнуть страну в новую братоубийственную войну, согласился на то, чтобы русским царем стал польский королевич. Но одновременно он выставил ряд условий, которые резко ограничивали возможности Владислава по изменению духовного и политического строя России. Прежде всего, в качестве главного условия, выставлялось требование убрать все польские войска с территории России. Далее, в обязанность Владислава вменялось соблюдение православной веры и запрет на возможность введение иных вероисповеданий. От него требовали чтить и украшать православные церкви по прежнему обычаю, оберегать их от разорения, поклоняться святым иконам и чудотворным мощам и почитать их, а костелов и молебных храмов иных религий не строить. Владислав должен был держать в великой чести Русскую Православную Церковь. Польский королевич Владислав обязывался не вмешиваться в духовные и святительские дела, и никого кроме православных людей, не назначать на церковные посты.