Тогда патриарха заточили в подземной тюрьме Чудова монастыря под охраной 50 стрельцов и стали морить голодом. 17 февраля 1612 г. святитель умер голодной смертью…

Подвиг святейшего патриарха Гермогена был высоко оценен современниками и потомками. Его стали называть “непоколебимым столпом”, удерживающим на себе своды “великой палаты” — России. Его начали величать “крепким адамантом”, то есть алмазом, православной веры, мучеником и великим страстотерпцем.

И семя народной борьбы за освобождение Российского государства, посеянное святейшим патриархом Гермогеном, уже вскоре дало свои плоды. Даже после смерти, святитель продолжал стоять во главе русского народного ополчения. Второе ополчение, которое благословил патриарх Гермоген, под водительством князя Дмитрия Пожарского и “выборного человека” нижегородца Кузьмы Минина осенью 1612 г. пришло под стены Москвы. В передовых полках находилась Казанская икона Божией Матери, ставшая небесной покровительницей и Путеводительницей всего Второго ополчения. 22 октября 1612 г., накануне решающего сражения с интервентами, засевшими в Москве, русское воинство три дня постилось и молило Богородицу о милости перед Казанской иконой. И победа, одержанная в этом сражение, была расценена, как очередное свидетельство покровительства Божией Матери России. С этих пор Казанская икона Божией Матери приобрела общерусское значение.

26 октября 1612 г. интервенты окончательно были изгнаны из Москвы. А 21 февраля 1613 г. собранный со всей Русской земли Земский собор избрал на царство юного Михаила Федоровича Романова. Именно на него, как на будущего царя, указывал патриарх Гермоген еще в 1610 г.

Патриарха Гермогена погребли в Чудовом монастыре. Но в 1652 г. при царе Алексея Михайловиче тело его было перенесено в Успенский собор. Тогда уже было обнаружено, что оно осталось нетленным. В 1812 г. захватившие Москву французы выбросили останки Гермогена из гроба и лишь после освобождения первопрестольной вновь положены в гробницу. Спустя 300 лет после мученической кончины состоялось торжественное прославление святителя Гермогена, как святого, а 12 мая 1914 г. произошло торжественное открытие его мощей. Русская Православная Церковь отмечает его память 17 февраля (1 марта) — в день кончины, 12 (25) мая — в день перенесения мощей и 5 (18) октября — вместе со святителями Московскими Петром, Алексием, Ионой и Филиппом.