Государь же от увещеваний митрополичьих только свирепел. Ведь он считал он выше всякой власти, ибо только его, царская власть, от Бога!

И не выдержал митрополит Филипп. Не может человек, пусть он и царь, Божиим Именем творить такое насилие! И люди должны служить царям телесно, а не душевно, и воздавать им царскую честь, а не Божественную. Божия правда выше власти царской! Потому и противно Богу истязание Руси, устроенное государем. Разделенная Русь не достигнет блаженства и радости, не станет Святой Русью! Объединяться надо, общим помыслом жить, государь же зло творит.

И пошел митрополит Филипп против царя. 22 марта 1568 г. началось это противостояние христианской правды и царской власти. В этот день отказал Филипп государю Ивану Васильевичу в благословении. А означало это одно лишь — царская “опричнина” учинена против Божией воли. Три раза подходил царь к митрополиту за благословением и также три раза отходил, разъяренный.

С того дня и повелось — сколько царь к митрополиту не подходит, не получает благословения. Свирепеет царь день ото дня, все больше разгорается опричный разгул. Но и митрополит Филипп все тверже в подвиге своем становится. Царь, едва сдерживаясь требует: “Только молчи, одно тебе говорю: молчи, отец святой! Молчи и благослови!”

Филипп же в ответ: “Наше молчание грех на душу твою налагает и смерть наносит! Всякий, кто не творит правды и не любит брата своего — не от Бога!”

И ведь не боится Филипп говорить такие слова царю в глаза! Не боится, ибо решился — или правда, или смерть! Нельзя иначе пастырю православному, в вере крепкому, поступать!

Авторитет митрополита был очень высок, поэтому царь не мог схватить его без причины. Поэтому в Соловецкий монастырь была направлена специальная комиссия для подготовки обвинений против Филиппа, основанных на лжесвидетельствах. 4 ноября 1568 г. состоялся суд: митрополита Филиппа низвергли из сана и приговорили к смертной казни сожжением. Но царь проявил милость, заменив казнь вечным заточением в монастырь.

8 ноября 1568 г. во время церковной службы в Успенском соборе на Филиппа набросились опричники, содрали с него одежды, обрядили в грубое монашеское платье и увезли с позором из Кремля. В итоге его заточили в Тверской Отрочь монастырь.

Но царь не мог успокоиться. Зимой 1569 г. опричное войско двинулось походом на Новгород. Дорога проходила через Тверь. 23 декабря 1569 г. в тверской Отрочь монастырь к узнику Филиппу приехал сподвижник царя Малюта Скуратов и передал требование царя — благословить поход. Филипп отказался. Тогда Малюта в гневе задушил узника подушкой. Монастырским насельникам было объявлено, что Филипп скончался от чрезвычайного угара. Случилось это 23 декабря 1569 г.

В 1591 г., при царе Федоре Иоанновиче, сыне Ивана Грозного, мощи святого Филиппа перенесли в Соловецкий монастырь, а в 1652 году — в Москву в Успенский собор. С той поры Русская Православная Церковь почитает святителя Филиппа как святого подвижника. Дни церковной памяти установлены на 9 (22) января, 3 (16) июля, а также 5 (18) октября совместно со святителями Московскими Петром, Алексием, Ионой и Гермогеном.

Первым Святейшим патриархом Московским и всея Руси стал Иов (в миру Иван) (ум. 1607). Он родился в городе Старице на Волге, около 1553 г. принял монашество в Старицком Успенском монастыре. В 1569 г. по распоряжению Ивана Грозного Иов был произведен в настоятели Старицкого Успенского монастыря. В 1571 г. Иов был назначен архимандритом Симонова монастыря в Москве, а в 1575 г. возглавил Новоспасский монастырь. Пребывая в Москве, он завоевал расположение царя Ивана IV Грозного, которого часто сопровождал в поездках по монастырям. В 1581 г. стал епископом Коломенским.

В царствование Федора Ивановича, в январе 1586 г. Иов был назначен архиепископом Ростовским, а вскоре был избран митрополитом Московским и всея Руси. В эти годы он стал пользоваться покровительством и поддержкой Бориса Годунова и вместе с Годуновым принял активное участие в подготовке введения патриаршества в России. Борис Годунов оказал давление на константинопольского патриарха Иеремию, который приехал в Москву за денежными субсидиями. 26 января 1589 г. константинопольский патриарх торжественно поставил в Иова патриархи Московские и всея Руси тогдашнего митрополита Иова. В мае 1590 г. это поставление было утверждено церковным собором в Константинополе с участием антиохийского и иерусалимского патриархов, многих митрополитов, архиепископов и епископов. Утвержденная грамота отводила русскому патриарху последнее, пятое место в иерархии глав автокефальных Православных Церквей. Учреждение патриаршества значительно повысило авторитет Русской Православной Церкви.